Koleksi Museum Nekara ada sekitar kurang lebih 800 buah yang terdiri dari berbagai jenis peninggalan sejarah dan hasil kebudayaan masa lampau seperti: koleksi prasejarah, keramik asing (porselin) dari berbagai negara, keramik lokal (earthenware), antropologi, etnographi, miniatur, koleksi nusantara, perunggu, dll.